及时向相关部门报告
在发现林地被侵占的情况下，林权证持有人首先应该做的是及时向当地的林业主管部门报告，说明具体的侵占情况及侵占范围。林业主管部门会对林地侵占行为进行调查处理，并出具相关证明文件，为后续的法律行动提供支持。向相关部门报案时，林权证是最为重要的证据之一，因此，持证人需保持林权证的合法有效。
寻求法律途径保护权利
当林地被侵占，林权证持有人应当通过法律途径来维护自己的权益。如果相关部门未能及时有效处理，可以向法院提起诉讼，要求侵占者返还林地或赔偿损失。根据《中华人民共和国森林法》等相关法律，侵占林地的行为属于违法行为，侵占者应承担相应的法律责任。在此过程中，林权证作为法定的林地权属证明，能够有效支持林权人的诉求。
加强日常监控与防范
为了防止林地再次遭到侵占，林权证持有人还应当加强日常监控与管理。可以通过安装监控设备、定期巡查等方式，及时发现潜在的侵占行为。一旦发现异常，应当第一时间采取措施进行阻止，并向相关部门报告。林权证持有人还应当加强对林地的保护意识，依法合规使用林地资源，避免因自身原因导致的权利纠纷。