市场机制的不完善
排污权交易的核心在于通过市场机制来调整污染物排放量，但这一机制并不完美。市场价格波动较大，可能导致部分企业无法有效预测排污成本，影响其生产决策。部分企业可能会利用低价购买排污权的方式逃避减少污染的责任，这使得排污权交易在一定程度上未能达到预期的环保效果。
排污权分配不公平
在排污权交易过程中，排污权的初始分配常常存在不公平现象。由于分配标准不够科学，导致一些污染严重的企业获得了过多的排污权，反而加剧了环境污染。而那些环保设施完善、污染较少的企业则因排污权不足而增加了运营成本，影响了其市场竞争力。这种不公平的排污权分配机制，显然对环境保护不利。
行政监管难度大
排污权交易虽然通过市场来调节，但行政监管仍然是其成败的关键。由于排污权交易市场本身存在许多复杂因素，政府监管难度加大。一方面，政府需要监控排污权的买卖情况，防止出现非法交易；另一方面，部分地区的排污标准不一，使得监管工作无法统一开展。这样一来，排污权交易的效果可能大打折扣，无法充分发挥其应有的作用。