市场流动性的不足
撮合交易的一个显著缺点是可能导致市场流动性不足。在某些情况下，由于市场参与者数量有限或交易量过小，撮合系统无法迅速匹配买卖双方的需求。这种流动性的不足可能导致价格波动加剧，甚至可能造成交易无法顺利完成。特别是在极端市场环境下，流动性问题尤为突出，这对投资者和交易员来说是一个不小的挑战。
交易风险的增加
撮合交易不仅仅面临流动性问题，还可能导致交易风险的增加。由于撮合系统的机制通常是按照价格和时间优先原则进行匹配，这意味着某些订单可能会在长时间内无法成交，甚至可能错失最佳交易时机。由于撮合系统对交易数据的实时性要求较高，系统故障或数据延迟也可能导致错误的交易决策，进一步增加了市场参与者的风险。
信息不对称的问题
信息不对称是撮合交易中常见的一个问题。在某些情况下，市场的部分参与者可能比其他人拥有更多或更及时的市场信息，这使得他们在交易中占据不公平的优势。尤其是在高频交易等领域，一些技术更先进、资金更充足的机构往往能够通过速度和信息的优势获利，而普通投资者则可能因为信息滞后而处于不利地位。
虽然撮合交易具有一定的优势，但其最大缺点仍然在于流动性不足、交易风险增加以及信息不对称问题。这些缺点使得市场参与者需要更加谨慎地评估自己的交易策略，并随时准备应对可能出现的各种市场波动和风险。